《Heavy Rain》以某個連續綁架殺人案件為開端，被害者會在數日內被雨水淹死，兇手因為會在被害者身旁留下摺紙，而被稱為「摺紙殺人魔（The Origami Killer）」。

玩家可操縱的 4 名角色包括愛子遭綁架的建築師伊森‧馬爾斯（Ethan Mars）、受命調查事件的 FBI 探員諾曼‧傑登（Norman Jayden）、同樣在追捕摺紙殺人魔的私家偵探史考特‧謝爾比（Scott Shelby），以及女新聞記者麥迪遜‧佩姬（Madison Paige）。

有著不同身分背景的 4 名角色分別在不同的時間段落與事件接觸。如同電影般的緊湊情結，遊戲主軸一開始就圍繞在伊森‧馬爾斯遭逢妻離子喪的家庭巨變後，最後陪伴身邊的兒子又被綁架的連續打擊。

女性主人公の追加
主人公に女性を選ぶことができるようになった。女性を選んだ場合、男性を選んだ場合とは仲間との関係などが変化する。その他にも以下の変更がある。
- メニュー画面などの色が青からピンクに変更。
- 学校や戦闘のBGMが新規のものに変更。
- ベルベットルームの案内人をエリザベスか新キャラクター・テオドアのどちらかから選べる（男性主人公はエリザベスで固定）。
- オルフェウスの髪が伸び、女性のような容姿になっている。
- コミュニティが一部変更。

01「魔術師」
男性主人公：クラスメイト・友近健二とのコミュニティ。イベントでは、主に彼と先生の恋愛模様が描かれる。
女性主人公：クラスメイト・伊織順平とのコミュニティ。彼の主人公への複雑な想いと、彼の父親への想いについて描かれる。

07「戦車」
男性主人公：運動部の同級生・宮本一志とのコミュニティ。一志は膝を痛めていることを皆には隠して運動部に参加しており、甥と交わした約束と自分の膝、どちらを取るか相談される。
女性主人公：運動部の同級生・岩崎理緒とのコミュニティ。理緒はやる気のない部の皆を叱咤するが、それが原因で対立してしまう。理緒は部員達と仲が悪く、時折主人公と二人だけの部になる。途中で、友近が叶先生と仲良くしているのを見て、嫉妬心が湧き、はじめて友近が好きだと気づく。

08「正義」
男性主人公：ヒロイン・伏見千尋とのコミュニティ。千尋から自身の男性恐怖症について相談される。
女性主人公：初等部の友人・天田乾とのコミュニティ。

09「隠者」
男性主人公：インターネットで知り合ったY子とのコミュニティ。ネットゲームを始めた主人公は、ネット仲間のY子と知り合い、実生活での不満などを打ち明けられる。交流が進むにつれ正体が判明。
女性主人公：委員会の同級生・長谷川沙織とのコミュニティ。休学していたために3年生よりも年上の沙織は、同級生たちと馴染めないでいる。

10「運命」
男性主人公：文化部の部長・平賀慶介とのコミュニティ。文化部に入った主人公は、気弱な部長・平賀と出会う。親の敷いたレールにうんざりする平賀の「自分探し」に付き合うことに…。
女性主人公：同級生・望月綾時とのコミュニティ。

11「剛毅」
男性主人公：ヒロイン・西脇結子とのコミュニティ。運動部マネージャーの西脇と知り合った主人公は、子供達のコーチを頼まれる。
女性主人公：S.E.E.Sの仲間・コロマルとのコミュニティ。

17「星」
男性主人公：他校のエースにしてライバル・早瀬護とのコミュニティ。運動部の大会で早瀬と出会い、一家を支える彼の姿を見ることになる。
女性主人公：上級生・真田明彦とのコミュニティ。

18「月」
男性主人公：グルメキング末光望美とのコミュニティ。自称「グルメキング」の末光と知り合った主人公。だが彼には新興宗教絡みのある問題があった。
女性主人公：上級生・荒垣真次郎とのコミュニティ。